1.特殊股東的股份轉讓限制。這里所指的特殊股東，包括掛牌公司控股股東及實際控制人、發起人、董事、監事以及高級管理人員。

　　根據《試點辦法》的規定，掛牌公司控股股東及實際控制人直接或間接持有的股份將分3批進人代辦系統轉讓.每批進人的數量均為其所持股份的1/3，進人的時間分別為掛牌之日、掛牌期滿1年和2年。同時，如果掛牌前12個月內控股股東及實際控制人直接或間接持有的股份進行過轉讓的，該股份的轉讓限制也適用上述規定。

　　而根據《公司法》，股份有限公司的發起人持有的股份自公司成立之日起1年內不得轉讓;公司董事、監事、高級管理人員在任職期間每年轉讓的股份不得超過其所持有本公司股份總數的25%;上述人員離職后半年內，不得轉讓其所持有的公司股份，這些規定也是當然適用于新三板掛牌公司的。

　　此外，掛牌公司還可以通過章程中的約定，對公司藍事、監事、高級管理人員轉讓其所持有的本公司股份做出限制性規定，以保障公司自身利益。

　　2.特殊情形的股份轉讓限制。根據(試點辦法)，掛牌公司在掛牌前12個月內進行過增資的。貨幣出資的新增股份自工商變更登記之日起滿12個月可進人代辦系統轉讓，非貨幣財產出資的新增股份自工商變更登記之日起滿24個月可進人代辦系統轉讓。

　　3.股份轉讓的暫停。根據《試點辦法》，掛牌公司涉及無先例或存在不確定性因素的重大事項需要暫停股份報價轉讓的，主辦券商應暫停其股份報價轉讓，直至爪大事項獲得有關許可或不確定性因素消除。這一規定類似于證券交易所的停牌，是為了避免股價的非常規波動影響到公司和投資者的利益。

　　另外，如果掛牌公司向證監會申請公開發行股票并上市，主辦券商也應當自證監會正式受理其申請材料的下一個報價日起，暫停該掛牌公司股份的轉讓，直至股票發行審核結果公告日。